科學家已經知道：大約有四分之一被愛滋病毒感染的人會產生癡呆症，2004年有一個進行了二十年的研究對此現象提出解釋，結果發表於美國國家科學院院刊，美國湯馬仕傑弗遜大學(Thomas Jefferson University)的研究小組表示病毒製造的蛋白質會引起大腦細胞死亡。人類愛滋病毒導致癡呆的原因曾經讓科學家困擾不已，因為不像其他大腦感染如腦膜炎及泡疹，愛滋病毒很少引起任何大腦發炎或白血球增加的情況，而是病毒引起神經元（神經細胞）死亡，導致病人大腦逐漸損壞產生癡呆症狀。從前的理倫認為愛滋病毒感染大腦兩種細胞：巨噬細胞(macrophages)及小神經膠質細胞(microglia)，接著這兩種細胞製造細胞素(cytokines)及化學素(chemokines)將神經細胞殺死，而目前研究小組係測試是否病毒本身或由受感染細胞製造的某些物質引起神經細胞死亡，他們檢視大腦細胞及血液T淋巴球，將病毒由某些細胞取出，其他細胞仍然留有病毒，結果發現神經細胞內有病毒及病毒蛋白質時就會造成細胞死亡，而當檢視T細胞時，發現只有病毒才殺死神經細胞，因為如果去除T細胞內的病毒，則沒有任何其他物質殺死神經細胞，研究人員又利用微距陣技術(microarray technology)進行進一步實驗，結果測知大腦內細胞素與化學素的量很低，不像是誘發大腦疾病的起因，在研究過神經細胞本身後，科學家發現有兩條明確的途徑導致細胞死亡，皆是由病毒所製造的蛋白質造成。愛滋病人在服用「高活性抗反轉錄病毒治療法」(HAART)之雞尾酒藥物後比起未服藥的病人較不易發作癡呆症，因此將來醫生須要加強早期診斷疾病，早些找出病毒並給予病人抗反轉錄病毒藥物治療，就可預防癡呆症的發生，而且長期而言還能節省醫療費用。
而今年(2005)11月美國加州洛杉磯大學的Paul Thompson博士與匹茲堡大學的科學家則使用立體磁共振影像掃描儀掃描26位愛滋病人的大腦，想找出究竟有何變化產生，結果發現愛滋病毒不但攻擊人體的自然防禦系統，也傷害大腦，有高達40%罹患愛滋病的人具有神經症狀，同時愛滋病人大腦的某些部位與對照組14位健康人比較後度減少10-15%，這些部位包括原始的感覺、運動及前運動皮質，不論病人是否服用抗愛滋病毒藥物。經過一系列大腦功能測試後，顯示大腦掃描圖所顯現的大腦組織損失與愛滋病人之認知及運動缺失有關，大腦組織損失與一般癡呆症（如阿茲海默症）見到的情況相反，似乎與病人的CD4細胞數目有關，這是愛滋病進展及病人免疫系統健康程度的標記。科學家表示如今全世界有4千萬人罹患愛滋病，大腦缺失的詳細生物標記就如同此種大腦皮質圖所呈現，因此醫生愈來愈需要這種標記來協助評量神經保護藥物是否治療病人大腦有效，而當藥物改良後，罹患愛滋病的人服藥後就會活得更久，該研究指出病毒如何攻擊大腦，也可能協助鑑定早期被愛滋病毒感染而未出現神經症狀的病人，此時給予神經保護製劑可獲得最大療效。目前5位罹患愛滋病而活著的人中至少有2位產生認知障礙，範圍由輕微缺失至癡呆，科學家雖然警覺到這種情況，但對於病毒引起大腦的損傷模式還未充分了解，其他研究人員則表示這個研究規模太小，需要更多證據證明愛滋病毒如何影響不同病人的大腦，特別是必須詳細研究這些神經保護藥物如何有效，及是否與現有愛滋病毒治療用藥會產生交互作用而影響其安全性，有些科學家則覺得這個研究所用的技術如果在其他國家及其他研究中証實的確有用，那麼這種影像掃描方法可能成為具有價值的愛滋病人大腦功能的代理標記(surrogate marker)。由於愛滋病人存活人數增加，大部分是因為服用 HAART藥物的緣故，因此目前醫學界將較多注意力轉移至影響病人生命品質的長期議題上，如神經性疾病等。
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