研究建議，包含冷凍糞便材料的膠囊能協助清除困難梭菌(Clostridium difficile)感染。20個人給予治療，使用來自自願者的材料，企圖治療被困難梭菌引起的嚴重腹瀉，該工作建立在從前的研究，顯示糞便移植可能協助重新建立腸道中細菌的平衡，但是研究人員警告，人們千萬不要企圖作出「家庭釀造的結果」。
不再發作
困難梭菌這個細菌無害地活在許多人的腸道裡，與好幾百個其他種類共存，所有種類都彼此競爭空間與食物，但是某些抗生素能殺死困難梭菌的競爭者，容許此細菌增生及產生大量毒素，會導致嚴重腹瀉而可能致命，強大的抗生素協助某些人，但是其他人卻繼續發展出慢性傳染病。
根據最新研究，由美國及以色列的一個研究小組科學家使用冷凍糞便膠囊，治療20位罹患慢性困難梭菌感染的病人，每一個病人在連續兩天內給予15個膠囊，結果發生這種感染20位病人中的14位，他們的症狀完全消失，在接著兩個月的時間內沒有復發。在另一個過程治療中，只有兩個病人具有進一步令人擔心的腹瀉發生。
研究人員在從前已經進行過成功的糞便移植，這是一種治療法，通常包括由一條管子或直接在大腸處理新鮮排泄物。但是研究人員在美國醫學協會期刊裡寫道，他們爭論這樣的做法不舒服、不實用而且會對病人帶來危險。
嚴格監督
由4位仔細篩選過的健康自原者，使用他們的糞便材料作成膠囊。哈佛大學醫學院的伊莉莎白‧候曼(Elizabeth Hohmann)教授進行此項研究，表示：這是小型研究提供先導數據，支持這種方法的安全性及有效性，必須有更多經驗及大型研究來決定其長期安全性及有效性。
美國波士頓兒童醫院的伊蘭‧楊格斯特(Ilan Youngster)也包括在報告中，接著說，使用膠囊巨大地簡化過程，潛在地使更多人接觸到，但是當我們力求作出此治療法對病人更容易接觸到，十分重要的是，由家庭成員或朋友使用糞便材料進行『家庭釀造』糞便微生物移植時，提醒人們有潛在的危險，此過程必須只能在嚴格醫學監督、使用完全篩檢捐獻者的材料下進行。
崔佛‧羅利(Trevor Lawley)博士，來自英國衛爾康信託基金會桑格研究所表示：抗生素的使用能干擾健康腸道的生態系統，此想法是你身體要放回良好的微生物。「這真令人興奮，因為他們已經採用這個治療法到一顆膠囊上，許多科學家如今工作保證我們具有最有效的微生物混合。U
